Elegir un buen programa de facturación para autónomos en 2026 ya no es solo cuestión de comodidad: es una decisión con consecuencias fiscales, porque el software tiene que estar homologado. Si todavía facturas en Excel, en un Word guardado como «factura_definitiva_v3_final2» o en papel, esta comparativa es para ti. Y si ya usas un programa pero dudas de si es el adecuado, también.
El panorama ha cambiado bastante respecto a hace tres años, y la razón tiene nombre: Verifactu. La normativa de la Agencia Tributaria obliga a que el software de facturación registre y comunique cada factura de forma automática, así que un programa sin homologar deja de ser una opción.
Abajo tienes los cinco mejores programas del mercado con sus precios reales, lo que hace bien y mal cada uno, y cómo elegir el tuyo según tu situación.
Qué es Verifactu y por qué importa en 2026
Verifactu es el sistema de la Agencia Tributaria que obliga a que tu software genere un registro inmutable de cada factura y lo reporte a la AEAT, en tiempo real o en diferido seguro. Su objetivo es cortar el fraude en la facturación: una vez emitida una factura, no se puede modificar sin dejar rastro.
Los plazos son estos: las sociedades (S.L., S.A.) tienen que tener su software adaptado antes del 1 de enero de 2027, y los autónomos personas físicas antes del 1 de julio de 2027. Como autónomo todavía tienes algo de margen, pero todos los programas serios ya son compatibles, así que esperar no aporta nada.
En paralelo llega otra obligación: la factura electrónica B2B de la Ley Crea y Crece. Las empresas con más de 8 millones de euros de facturación tendrán que emitir y recibir facturas electrónicas a partir del 1 de octubre de 2027, y el resto de empresas y autónomos a partir del 1 de octubre de 2028. Si tus clientes son empresas, esto te afecta.
En la práctica, si vas a cambiar o actualizar tu programa, elige ya uno que cumpla con ambas normativas. Los cinco que analizamos aquí lo hacen.
Los 5 mejores programas de facturación para autónomos en España 2026
1. Holded
Holded es el más completo de los cinco y también el más caro. Es casi un ERP: está pensado para autónomos y pymes que quieren gestionar facturación, contabilidad, inventario, CRM y proyectos desde una sola herramienta. Si tu negocio ha crecido y necesitas más que emitir facturas, tiene sentido. Si eres autónomo con actividad sencilla, se te queda grande.
Sus planes arrancan desde 29 € al mes (facturación anual) en la versión más básica, aunque con todas las funciones el precio real sube según el número de usuarios y módulos que actives. Tiene prueba gratuita de 14 días sin tarjeta de crédito. Es compatible con Verifactu, integra directamente con la AEAT para presentar modelos fiscales, se conecta con los bancos españoles para la conciliación automática y suma un módulo de nóminas y RRHH bastante completo si tienes empleados.
Su punto débil es la curva de aprendizaje: tiene tantas funciones que lleva tiempo dominarlo. Para quien solo necesita emitir facturas y llevar el IVA, es como usar un martillo neumático para clavar un cuadro.
2. Billin
Billin es probablemente el mejor equilibrado para el autónomo español medio. Está diseñado justo para ese perfil: es sencillo, tiene todas las funciones necesarias y su precio es muy razonable, desde 9 € al mes con facturación anual. Ofrece 30 días de prueba gratuita.
Cubre facturas, presupuestos, albaranes, tickets, control de gastos y conexión bancaria para conciliación, y está adaptado a Verifactu y a la normativa fiscal española. La interfaz es clara: la primera vez que lo usas puedes crear una factura en menos de dos minutos. También tiene aplicación para iOS y Android, útil si facturas desde el campo o te mueves mucho.
Lo que no incluye, y conviene tenerlo claro, es contabilidad completa. Si tu asesor te pide que lleves los libros contables o necesitas el balance y la cuenta de resultados, Billin no basta por sí solo. Pero la mayoría de autónomos en estimación directa simplificada o módulos no necesitan eso, porque de esa parte se encarga el gestor.
3. Quipu
Quipu es la opción intermedia ideal si trabajas con asesoría. Su rasgo diferenciador es que permite compartir el acceso con tu gestor de forma muy cómoda, lo que agiliza la coordinación en las declaraciones trimestrales y anuales.
Tiene un plan gratuito con funciones básicas y planes de pago desde 9 € al mes. Cubre facturación, gastos, tesorería e integración bancaria. Es compatible con Verifactu y permite presentar directamente los modelos 303 (IVA trimestral) y 130 (pago fraccionado del IRPF) desde la plataforma, una ventaja real si no quieres depender del gestor para todo.
Su punto débil es que la interfaz, aunque funcional, se nota algo menos pulida que la de Holded o Billin. Y el soporte puede ir lento en momentos de alta demanda, como los días previos a cada cierre trimestral.
4. Contasimple
Contasimple tiene una baza que los demás no ofrecen: un plan gratuito permanente. No es una prueba de 14 o 30 días, sino un plan que sigue siendo gratis para siempre, aunque limitado a 50 registros al año. Para un autónomo con muy poca actividad (alguien que emite 10-15 facturas al año y poco más), puede ser suficiente.
Los planes de pago van desde 9,95 € al mes hasta 15,95 € al mes (facturación anual). Con más de 50.000 usuarios en España, es uno de los programas más usados entre autónomos. Es compatible con Verifactu, permite generar los modelos 303 y 349 desde la plataforma y lleva libros contables automáticos. La interfaz es sencilla y está muy enfocada al autónomo sin conocimientos contables.
Si tributas por módulos (estimación objetiva) en lugar de estimación directa, Contasimple tiene un módulo específico para ese régimen, algo que lo diferencia de competidores que solo cubren estimación directa.
5. Sage
Sage es el nombre grande de los cinco y el que más gestorías dominan en España. Es el programa de referencia en muchas asesorías y grandes empresas, y en los últimos años ha lanzado versiones para autónomos y pymes pequeñas. Su punto fuerte es la integración con la AEAT y con los gestores: si tu asesor ya trabaja con él, la coordinación es muy fluida.
Para autónomos, los planes de entrada rondan los 15-25 € al mes, aunque la oferta varía según el canal de venta. Es compatible con Verifactu y con todos los modelos fiscales relevantes, y tiene soporte telefónico en español, algo que se agradece en época de declaraciones.
Su inconveniente es que la interfaz tiene más complejidad de la necesaria si solo facturas y llevas gastos. Y el precio, aunque competitivo para lo que ofrece, queda por encima de Billin o Contasimple cuando solo necesitas lo básico.
Tabla comparativa: precios y características 2026
Este es el resumen de cada programa para comparar de un vistazo:
- Holded: Desde 29 €/mes · Prueba 14 días · Facturación + contabilidad + CRM + inventario · Verifactu: sí · Modelos AEAT: sí · Ideal para PYMES con necesidades complejas.
- Billin: Desde 9 €/mes · Prueba 30 días · Facturación + gastos + conciliación bancaria · Verifactu: sí · Modelos AEAT: sí · Ideal para autónomos con actividad media-alta que quieren sencillez.
- Quipu: Plan gratuito + desde 9 €/mes · Prueba incluida en plan gratuito · Facturación + gastos + tesorería + acceso gestor · Verifactu: sí · Modelos AEAT: sí (303 y 130) · Ideal para autónomos que trabajan con asesoría.
- Contasimple: Plan gratuito (50 registros/año) + desde 9,95 €/mes · Facturación + gastos + modelos fiscales + módulos · Verifactu: sí · Modelos AEAT: sí (303, 349) · Ideal para autónomos con poca actividad o con módulos.
- Sage: Desde ~15-25 €/mes · Facturación + contabilidad completa · Verifactu: sí · Modelos AEAT: sí (gama completa) · Ideal para autónomos que trabajan con asesorías que usan Sage.
Freemium vs. de pago: el ROI real
¿Merece la pena pagar cuando hay opciones gratuitas? Depende de cuántas facturas emites y de cuánto vale tu tiempo. Si emites menos de 50 facturas al año y tu actividad es muy simple, el plan gratuito de Contasimple o Quipu te puede bastar. Si emites más, tienes gastos frecuentes que registrar o quieres convertir presupuestos en facturas con un clic, el plan gratuito se queda corto enseguida.
El cálculo es sencillo. El plan básico de Billin son 9 € al mes, o 108 € al año. Si te ahorra media hora a la semana frente a hacerlo a mano o con Excel (y la mayoría de usuarios reporta ahorros mayores), son 26 horas al año. Si tu hora de trabajo vale 30 € (una tarifa baja para un autónomo), eso son 780 € de valor generado frente a 108 € de coste. El ROI es evidente.
Hay un argumento aún más importante: los errores. Quien lleva la facturación a mano o en Excel se equivoca. Olvida el IVA correcto, pierde una factura o no cuadra el modelo 303 con las facturas emitidas. Cada uno de esos fallos puede acabar en una sanción o una revisión de Hacienda. El coste de un buen programa de facturación es insignificante comparado con el de un error fiscal.
Autónomos con módulos: qué tener en cuenta
Si tributas en estimación objetiva (módulos), tu situación es distinta: no necesitas llevar la contabilidad completa ni registrar todos los gastos para calcular lo que pagas, porque el impuesto se calcula con parámetros objetivos (metros del local, empleados, potencia instalada, etc.).
Aun así, sí tienes que emitir facturas correctas a tus clientes, llevar el libro de registro de facturas emitidas y, cuando entre en vigor, cumplir con Verifactu si tienes clientes empresa. Los programas más adecuados para módulos son Contasimple (con un módulo específico para este régimen) y Quipu, que también lo contempla. Holded y Billin están más orientados a estimación directa, aunque también funcionan.
Cómo deducir el programa de facturación en la renta
Si eres autónomo en estimación directa, sí puedes deducir el coste del programa en el IRPF. Se contabiliza como «gasto en servicios de software» o «gasto en herramientas digitales» dentro de los gastos de explotación. No hay ningún límite especial: es un gasto necesario para la actividad y, como tal, reduce la base imponible del IRPF.
Para que la deducción sea válida necesitas la factura del programa (que todos emiten automáticamente) y que el gasto quede anotado en tu libro de gastos. Si usas el propio programa para registrar sus facturas, ya lo tienes resuelto. Recuerda que el IVA soportado también es deducible si estás en el régimen general del IVA.
En la práctica, si pagas 9 € al mes por Billin, deduces 108 € al año. Si tu tipo marginal de IRPF es del 30 %, eso supone un ahorro fiscal real de 32,40 € al año. No es una fortuna, pero cuenta.
Cómo migrar de un programa a otro sin perder datos
Puedes cambiar de programa sin perder tu historial ni reescribirlo a mano: todos los de esta lista permiten exportar los datos en formatos estándar (CSV, Excel, XML). Este es el proceso típico de migración:
- Exporta tus datos del programa actual. Busca la opción de exportación. La mayoría permiten sacar facturas emitidas, facturas recibidas, clientes y proveedores en CSV o Excel. Guarda esos archivos.
- Decide la fecha de corte. Lo más limpio es migrar a inicio de ejercicio fiscal (1 de enero) o a inicio de trimestre, para no tener facturas del mismo período en dos sistemas distintos.
- Registra el saldo inicial en el nuevo programa. En contabilidad se llama «asiento de apertura». En programas más simples como Billin o Contasimple, basta con introducir los saldos pendientes de cobro o pago en la fecha de inicio.
- Importa clientes y proveedores. Todos permiten importarlos desde CSV, así que te ahorras teclearlos uno a uno.
- Configura Verifactu en el nuevo programa. Al activarlo te pedirá conectar con la AEAT para Verifactu. Las instrucciones suelen ser muy sencillas (introducir tu NIF y aceptar los términos).
- Guarda el archivo del programa anterior. Aunque ya no lo uses, conserva los datos exportados durante al menos cuatro años (el período de prescripción fiscal). Hacienda puede pedirte facturas de ejercicios anteriores.
Una migración bien hecha lleva entre 2 y 4 horas a la mayoría de autónomos. Con mucho histórico o clientes complejos puede alargarse a medio día, pero no es algo que deba asustarte.
Integración con la AEAT y modelos fiscales
Una de las funciones más útiles de los programas modernos es preparar y, en algunos casos, presentar los modelos fiscales a la AEAT desde el propio software. Los más relevantes para autónomos son el 303 (liquidación trimestral de IVA), el 130 (pago fraccionado del IRPF en estimación directa), el 390 (resumen anual de IVA), el 100 (declaración anual de IRPF) y el 349 (declaración recapitulativa de operaciones intracomunitarias, si tienes clientes o proveedores en la UE).
Contasimple y Quipu son los que más facilitan el proceso directamente desde la plataforma. Holded también lo hace, con un flujo algo más complejo. Billin prepara los datos para que tu gestor los presente, pero no presenta directamente. Sage ofrece integración completa con la AEAT.
Si trabajas con gestor, esta presentación directa importa menos, porque ya lo hace él. Pero si llevas tú mismo la fiscalidad (algo habitual en actividades sencillas), tener esa función integrada ahorra tiempo y reduce errores.
¿Cuál te recomiendo según tu situación?
No hay un programa mejor para todos; hay uno mejor para tu caso. Estas son mis recomendaciones directas:
- Autónomo con poca actividad (menos de 50 facturas al año): empieza con el plan gratuito de Contasimple. Si te quedas corto, sube al plan de 9,95 €/mes.
- Autónomo con actividad media que quiere sencillez y buen precio: Billin desde 9 €/mes. Es el más fácil de usar y tiene todo lo necesario.
- Autónomo que trabaja con asesoría y quiere coordinación fluida: Quipu, sobre todo si tu gestor ya lo usa o está dispuesto a adoptarlo.
- Autónomo que tributa por módulos: Contasimple o Quipu, que contemplan específicamente este régimen.
- PYME o autónomo con empleados que necesita contabilidad completa: Holded o Sage, según si ya tienes relación con una asesoría que use uno de los dos.
Preguntas frecuentes
¿Es obligatorio usar un programa con Verifactu ya mismo?
Todavía no, pero la fecha límite para autónomos es el 1 de julio de 2027 y para sociedades el 1 de enero de 2027. Todos los programas de esta lista ya son compatibles, así que si vas a cambiar de programa de todas formas, tiene sentido elegir uno que cumpla ya con Verifactu en lugar de adoptar uno que no lo haga y tener que cambiar en menos de un año.
¿Puedo usar Excel para facturar y cumplir con Verifactu?
No. Verifactu exige que el software genere un registro digital con hash (firma electrónica) por cada factura y lo envíe a la AEAT, y un Excel no puede hacerlo. Cuando entre en vigor la obligación, seguir usando Excel supondría incumplir la normativa y exponerte a sanciones.
¿Qué pasa con las facturas que emití antes de adoptar un programa con Verifactu?
Las facturas emitidas antes de la fecha de obligatoriedad no hay que reemitirlas. La obligación aplica a las facturas emitidas a partir de la fecha en que tu programa debe estar adaptado, y tu historial anterior se mantiene igual.
¿Puedo usar el mismo programa para el IVA y el IRPF?
Sí, todos ayudan a preparar ambas obligaciones. El nivel de integración varía: Contasimple y Quipu permiten presentar los modelos directamente desde la plataforma; Billin y Holded los preparan para que tú o tu gestor los presentéis en la sede electrónica de la AEAT; Sage tiene integración completa.
¿Funciona bien la aplicación móvil de estos programas?
Billin y Contasimple tienen las apps móviles mejor valoradas de los cinco. Holded tiene app, pero su interfaz está más pensada para escritorio. La de Quipu es funcional, aunque algo limitada frente a la versión web. Sage tiene app para algunos módulos, no tan completa como el escritorio. Si facturas mucho desde el móvil, Billin o Contasimple son la mejor opción.
Fuentes oficiales
Sobre el autor
Yinmy Lázaro Carrazana dirige Servicios Digital Conect (Alicante), donde ayuda a autónomos y pymes a digitalizarse con IA y software. En Conecta Nex escribe con un enfoque práctico y honesto sobre las herramientas que de verdad usan los negocios. Contacto: info@conectanex.com.